La organización central está manejada por un Consejo Directivo compuesto por 11 miembros, 8 miembros elegidos por los asociados, y 3 propuestos por el mismo Consejo Directivo.

La organización cuenta además con Comités Técnicos y Grupos de Trabajo, responsables de la definición del estándar HL7. Cada Comité Técnico y Grupo de Trabajo, está dirigido por 2 o más presidentes, que conforman el Comité Directivo Técnico, que vota cuestiones relacionadas con la orientación del estándar. Las recomendaciones del Comité Directivo Técnico se pasan al Consejo Directivo, el cual toma la decisión final.

A todos los miembros de HL7 se los alienta para participar en todos los comités.
Los afiliados internacionales están representados por el Comité Internacional de HL7, donde cada uno de los países tiene un voto. Uno de los miembros de este comité es elegido para participar en el Consejo Directivo, representando los intereses del Comité Internacional.